目前建立保护区是一种有效的保护措施，但是更重要的还是要解决经济发展与生态平衡之间的矛盾。
为了解决红树林保护和利用的矛盾，广西红树林研究中心在北仑河口国家级自然保护区珍珠湾管理站进行原位生态养殖试验，探索在红树林里构建管网系统养殖底栖鱼类的技术。
“中华乌堂鳢是不投放任何饲料的，完全利用海洋生物链自然养殖，在涨潮退潮时会留有一些小生物，再加上红树林泥土吸收海水的营养，这些小生物基本适宜中华乌堂鳢食用，现在看情况还行，不过可能就是生长周期会稍长，因为是利用海水自然养殖，不像投放饲料养殖那样快速生长。但是这样饲养更环保，品质也高。”珍珠湾管理站技术员梁家亮介绍说。
中国红树林保育联盟的项目负责人张晓曦也介绍了一个案例。在厦门一个叫做"鳄鱼屿"的岛上，专业人士帮助渔民通过在滩涂上广泛种植红树林，并在红树林底下从事螃蟹的生态养殖，达到生态效益和经济效益双赢的目的。“这种生态养殖的过程比较慢，渔民不会像围栏养蟹那样快见到效益。但是当他们看到自然养殖的青蟹个头大、肉质好，能卖到很好的价格，他们也慢慢认同了这种方式。”张晓曦说。
红树林的生态利用技术仍处于小规模的摸索阶段。怎样才能在经济发展大趋势下采取有效保护措施？广西红树林研究中心莫竹承教授认为补偿与立法应同步进行，同等重要。他说：“首先在实现生态补偿金制度。按照红树林生态系统对沿海地区社会与经济发展的承载作用和重要的生态服务价值，通过税收、资源补偿费等方式向在红树林生态区海岸边向海洋排放污水的生产企业、在红树林生态区作业的船只、海水养殖户等收取。补偿金由红树林生态系统管理者将其将用于红树林生态系统的监测、保护、管理与恢复等有利于红树林生态系统的活动。
另外要进一步完善红树林生态系统保护立法。我们已经有一些涉及红树林生态系统保护的法律法规，但在实际操作中还有相当大的难度。现在特别需要在法律法规上对红树林生态补偿金制度作出明确的规定并加大执法力度，这样就可以极大地促进红树林生态保护管理工作。”
莫教授还认为加强管理、建立红树林生态监测体系也很重要：“首先对红树林资源进行功能区划分别管理，详细调查红树林资源利用现状，建立地理信息系统，将之划分为自然保护区、生态综合开发区、恢复造林区、新发展区等，实行分类管理。其次要加强各部门的沟通、协调，建立由相关部门参与的海岸带管理委员会机制进行有效协调。再次是加强红树林保护区的建设力度，完善和提高现红树林保护区的管理能力。
还要建设红树林湿地监测体系。建立规范的、合理的海岸带或者红树林生态系统监测体系，对红树林湿地生态系统结构、功能及环境变化过程实施长期的定位监测，并建立完善的系统动态变化信息数据库，及时准确掌握生态系统健康状况、功能状况和未来的变化趋势，为湿地退化、物种遭受威胁提前发出预警，保证红树林湿地保护、管理和利用建立在科学的基础之上。”【详情】
结语
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