1978年，党的十一届三中全会召开，科学的春天来到了，刘祖生积极主动地投入到茶学教育与科学研究中去，取得了一系列引人注目的成果。其中包括国家教委优秀教材奖1项，省优秀教材二等奖1项；国家科技进步三等奖1项，省部级科技成果二等奖3项。1986年晋升教授，1990年批准为博士生导师。曾任浙江农业大学茶学系主任(1984-1992)、浙江大学学位委员会委员（1998-2001）、茶学国家重点学科带头人（1991-2001），兼任国务院学位委员会第三、四届学科评议组成员。曾评为全国优秀教师、全国优秀科技工作者。
主讲“茶树育种学”等8门课程，主编、副主编和参编全国统编教材各1本，即《茶用香花栽培学》、《茶树栽培学》和《茶树育种学》。主持创建中国第一个茶学博士点和茶学国家重点学科。
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